鼠伤寒沙门菌婴幼儿分离株耐药基因及毒力基因研究

• 作者: 张宏元 彭子欣 徐进 李凤琴 王伟 胡豫杰 许学斌 赵熙
• 来源期刊: 中国食品卫生杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 腹泻 婴幼儿 鼠伤寒沙门菌 耐药基因 毒力基因 全基因组测序 食源性致病菌
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 567-575
• 分类号: R155
• 语种: 中文
• DOI: 10.13590/j.cjfh.2016.05.002

摘要

目的 基于全基因组测序结果,分析鼠伤寒沙门菌耐药表型和耐药基因的关系,研究其耐药发生机制和毒力因子.方法 利用美国临床和实验室标准委员会(CLSI)推荐的微量肉汤稀释法对5岁以下腹泻患儿粪便中分离的321株鼠伤寒沙门菌开展药物敏感性试验,从中选择不同耐药表型的3株鼠伤寒沙门菌(S1:敏感;S2:TET耐药;S3:ESBLs阳性,10重耐药)进行全基因组测序,通过与抗生素抗性基因数据库(ARDB)和病原毒力因子数据库(VFDB)比对以及美国国立生物技术信息中心(NCBI)核酸数据库人工检索,对耐药基因和毒力基因进行注释.结果 321株鼠伤寒沙门菌对IPM和MEM均敏感,对TET和AMP的耐药率最高,分别为84.4％ (271/321)和83.8％(269/321),206株菌株显示为耐3类以上抗生素(64.2％,206/321),11株CIP-CTX耐药株均为ESBLs阳性(3.4％,11/321);全基因组测序结果显示,S1、S2和S3的全基因组大小依次为4 876 427、4 970 690、5 133 380 bp,预测编码基因数分别为4 825、4 936和5 082个,GC含量依次为52.18％、52.14％、51.87％;对S1、S2和S3基因组中18、20和32个耐药基因进行注释,除共有基因外,S2主要携带tetA和sul2基因,S3主要携带sull/2/3、tetB、AAC(3)-Ⅳ、AAC(6')-Ⅰ、ANT(2")-Ⅰ、ANT(3")-Ⅰ、aphA1、bla CTX-M-14、blaOXA-1、catB3、cml_e1和cml-e3基因.与阳性鼠伤寒沙门菌株LT2的gyrA基因进行序列比对发现,S3gyrA基因第87位密码子由GAC突变为AAC(Asp87→Asn);分别注释S1、S2和S3基因组的130、129和120个毒力基因,发现主要以三型分泌系统和粘附因子为主.结论 5岁以下腹泻患儿粪便样品中鼠伤寒沙门菌耐药现象严重;全基因组测序分析发现耐药基因与耐药表型一致,且存在多种毒力因子;为后续开展耐药基因传播机制和菌株致病性研究,评估其对人群的健康风险,防控鼠伤寒沙门菌感染提供技术支持.