宫颈上皮内瘤变进展相关基因的生物信息学分析

• 作者: 李力 蒋燕明
• 来源期刊: 中国肿瘤临床
• 关键词: 宫颈上皮内瘤变 进展 表达谱 基因芯片 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（19）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 840-844
• 页数: 5页
• 字数: 3779字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-8179.2016.19.614

摘要

目的：基于芯片数据采用生物信息学方法，挖掘与宫颈上皮内瘤变（cervical intraepithelial neoplasia，CIN）进展相关的信号通路和潜在差异表达基因。方法：在GEO数据库中筛选CIN进展相关mRNA表达谱芯片数据，并通过生物信息学方法进行再次分析。结果：在GEO数据库获得GSE63514、GSE51993芯片数据，将共同差异表达基因信号通路富集获得Wnt、Endocytosis、Vibrio cholerae infection与CIN进展显著相关的3条信号通路，及调控这些信号通路的14个差异表达基因。通过生物学注释与文本挖掘，发现3个基因与CIN进展相关，另有9个基因与肿瘤的进展和复发相关。通过GeneMania工具分析发现所有筛选的基因都与已知的CIN相关基因互作形成蛋白互作网络。其中CCND2和TGFBR2与多个已知基因存在直接互作。结论：通过对芯片数据再次分析，筛选出3条信号通路及14个差异表达基因与CIN进展相关。