细菌array-CGH技术用于比较牙龈卟啉单胞菌不同菌株基因组差异的研究

• 作者: 叶宁 吕莉娟 周伟平 周香城 张亮 李心悦 贺俊成 马健 黄淑君
• 来源期刊: 口腔医学研究
• 学科: 医学
• 关键词: 牙龈卟啉单胞菌 微阵列比较基因组杂交 基因组差异
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 临床研究论著
• 页码范围: 506-509
• 页数: 4页
• 分类号: R781.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.13701/j.cnki.kqyxyj.2016.05.020

摘要

目的:构建牙龈卟啉单胞菌(简称P.gingivalis)全基因组规模的微阵列比较基因组杂交(简称array-CGH)芯片平台,分析不同菌株间基因组的差异,为后续检测临床分离株的毒力基因,进一步阐述牙周炎发病机制提供依据.方法:综合已经全基因组测序的12株P.gingivalis菌的序列信息,设计探针序列,定制芯片.提取P.gingivahs高毒力株W83和低毒力株ATCC 33277的基因组DNA,利用array-CGH检测其全基因组的差异DNA片段,并运用PCR验证结果的准确性.结果:Array-CGH结果显示两组菌株间存在几个连续片段的拷贝数不同.P.gingivalis W83的部分特异片段参与编码毒力致病因子.在P.gingivalis ATCC 33277的特有片段中,部分编码蛋白可增强细菌表明粘附力,使其具有高粘附力.从中挑选12个基因进行PCR差异性验证,证实与芯片结果一致.结论:用array-CGH芯片的方法来分析全基因组拷贝数的变化具有分辨率高,能精确定位异常片段的特性.本文成功构建了array-CGH技术检测P.gingivalis不同毒力株基因差异的平台,为后续比较临床分离株的差异DNA片段,筛查毒力基因,深入阐述牙周炎的发病机制奠定基础.