牙龈卟啉单胞菌编码基因重注释研究

• 作者: 张会雄 张无忌 张欣悦 徐晓捷 计得伟
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 牙周病 牙龈卟啉单胞菌 基因重注释 新基因
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 205-211
• 页数: 7页
• 分类号: Q343.1+2
• 字数: 4410字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2015.04.01

摘要

为了确保牙龈卟啉单胞菌生物大分子信息的准确性，对NCBI数据库中的3株牙龈卟啉单胞菌的注释信息进行研究。首先，准备好蛋白质编码与非编码序列正负样本，用基于Z曲线理论的Fisher判别法对正负样本集进行训练，确定一个判断ORF编码或非编码的阈值t0，由阈值作为判别条件来识别所有的ORFs，判断基因片段是否具有编码蛋白质的功能，由此阈值为判别标准排除掉3株牙龈卟啉单胞菌基因组中错误的基因注释信息。然后，用Prodigal基因预测软件对牙龈卟啉单胞菌进行基因预测，基因预测结果与原始功能已知基因进行比对，挑选出具有不同5’终端的ORFs，将这些具有不同5’终端的ORFs与功能已知的基因片段进行比对，找到重叠率小于20％的候选基因。最后，对这些候选基因用Blast进行序列比对找到满足条件的新基因，并为这些新基因添加功能注释信息。基于以上方法共排除了117个非编码的开放式阅读框，并找到了30个NCBI数据库中缺失的编码蛋白质的新基因。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张会雄	电子科技大学生命科学与技术学院	5	8	2.0	2.0
2	张欣悦	成都中医药大学针灸推拿学院	9	76	5.0	8.0
3	徐晓捷	电子科技大学生命科学与技术学院神经信息教育部重点实验室	1	1	1.0	1.0
7	计得伟	电子科技大学生命科学与技术学院神经信息教育部重点实验室	1	1	1.0	1.0
11	张无忌	电子科技大学生命科学与技术学院神经信息教育部重点实验室	1	1	1.0	1.0