养猪发酵床微生物宏基因组基本分析方法

• 作者: 刘国红 刘波 王阶平 葛慈斌 车建美 郑雪芳 陈倩倩 陈德局
• 来源期刊: 福建农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 宏基因组学 微生物群落 微生物发酵床 分析方法
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 资源与环境科学
• 页码范围: 630-648
• 页数: 19页
• 分类号: Q933
• 字数: 14222字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2016.06.015

摘要

养猪微生物发酵床分解猪粪、消除恶臭，将猪粪形成生物菌肥，实现了养猪污染的微生物治理和猪粪的资源化利用，微生物起到关键作用。然而，关于发酵床微生物群落的种类、数量、结构等方面系统研究鲜见报道。课题组采用高通量宏基因组学方法，系统地开展了微生物发酵床的微生物组研究，揭示不同空间、不同深度、不同发酵程度、不同垫料组成、不同季节发酵床中的微生物组成及其区系演替规律。本文就相关的宏基因组测序的样本采集、样本处理、测序原理、分析模型、数据统计、结果表述等分析流程和方法进行了归纳，阐明微生物组操作分类单元（OTU）鉴定，物种累积曲线，核心微生物组，种类丰度主成分分析，种类秩－多度曲线，物种组成丰度柱状图、热图、星图等分析的原理与方法，列举微生物组种类复杂度α-多样性分析、β-多样性分析、种类显著性差异 LEfSe 分析，冗余分析等实例，为深入研究发酵床微生物群落提供了完整的分析思路和范例。