柑橘全爪螨微卫星位点鉴定与信息分析

• 作者: 刘燕 李刚 李婷 杜洋 王进军 袁明龙 魏丹丹
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 柑橘全爪螨 叶螨科 高通量测序 分子标记 微卫星富集文库
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 植物保护
• 页码范围: 282-293
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2016.02.009

摘要

【目的】通过磁珠富集法构建柑橘全爪螨（Panonychus citri）微卫星富集文库，发掘柑橘全爪螨基因组微卫星（gSSR）序列。同时，利用柑橘全爪螨转录组数据库，筛选其功能微卫星（EST-SSR）分子标记，设计柑橘全爪螨微卫星（SSR）引物并验证其适用性。【方法】在提取柑橘全爪螨高质量基因组DNA的基础上，使用链霉亲和素偶联的磁珠与生物素标记的微卫星探针结合，亲和性捕捉由限制性内切酶酶切产生的含 SSR的单链基因组DNA目的序列，经PCR扩增为双链后，克隆并构建SSR富集文库，测序筛选SSR序列。另一方面，基于柑橘全爪螨转录组数据，利用msatcommander软件发掘其功能微卫星标记。采用Primer Premier 5软件设计SSR引物，并进行验证。【结果】构建了柑橘全爪螨AC、TC和ATG共3个SSR富集文库，阳性克隆率分别约为30%、28%和25%。对文库的测序结果表明，AC文库的冗余率最高，TC文库次之，而ATG文库未发现相同微卫星位点的克隆。同时，在AC文库中，大部分AC重复类型的SSR为多拷贝微卫星位点，其中有相当一部分SSR的一侧侧翼序列完全相同或高度相似。从3个SSR富集文库中获得了可用于设计引物的gSSR单一序列44条（GenBank登录号为JF776418—JF776461），共合成了20对SSR引物，其中能够稳定扩增的引物有11对。柑橘全爪螨gSSR中完美型SSR占54.5%，非完美型和复合型SSR分别占27.3%和18.2%。在完美型的gSSR中，两碱基重复SSR的核心重复次数（13—42次）大于三碱基重复SSR（5—9次）。从柑橘全爪螨转录组数据库中共获得8023个EST-SSR位点，其中2540个SSR可用于引物设计，共合成了35对引物（GenBank登录号为KT261306—KT261340），其中能够稳定扩增的引物有8对。柑橘全爪螨EST-SSR的平均分布频率为1/3.55 kb。其中，三碱基为优势核心重复类型，占总数的53.86%；其次为两碱基核心重复类型，占总数的43.36%；而四、五、六碱基重复类型以及复合型的SSR数量均较少，且数量差异不大，共占EST-SSR总数的2.78%。柑橘全爪螨EST-SSR核心重复次数主要集中在5—10次。【结论】采用磁珠富集法，并将酶切、接头连接一步化，可提高个体微小的螨类及微小昆虫SSR的富集效率。柑橘全爪螨gSSR核心重复次数要远多于从转录组数据库获得的EST-SSR。总体而言，gSSR和EST-SSR中的三碱基重复SSR具有更好的优化率。此外，柑橘全爪螨gSSR具有微卫星家族现象。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王进军	西南大学植物保护学院	131	1530	22.0	30.0
2	李刚	西南大学植物保护学院	7	16	2.0	4.0
3	刘燕	西南大学植物保护学院	41	285	9.0	15.0
4	魏丹丹	西南大学植物保护学院	7	53	4.0	7.0
5	杜洋	西南大学植物保护学院	1	5	1.0	1.0
6	李婷	西南大学植物保护学院	9	44	4.0	6.0
7	袁明龙	西南大学植物保护学院	6	55	5.0	6.0