尼罗罗非鱼补体C9基因单核苷酸多态性及其与抗无乳链球菌感染的关联分析

• 作者: 刘志刚 卢迈新 曹建萌 胡欣欣 陈昆平 陈琼
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 尼罗罗非鱼 补体C9 SNPs 无乳链球菌 关联分析
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 354-365
• 页数: 12页
• 分类号: S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2017.03.002

摘要

为获得与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)链球菌病抗性相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymophisms,SNPs)标记,本研究克隆了尼罗罗非鱼补体C9基因(OnC9)的基因组DNA序列,通过直接测序法从20个家系的39条尼罗罗非鱼OnC9的测序序列中分析得到22个SNPs位点,其中S1(C483T)、S3(G954A)、S4(T1180C)、S5(G1539A)、S6(G1627T)、S7(A2590T)、S 10(T2876G)、S 11 (C2915G)、S 12(T2939G)、S 13 (A2942C)、S 14(A3544C)、S 15 (T3604C)、S 16(T3670C)、S 17(T3841 C)、S18(T4339C)、S19(G4494C)、S20(A4678G)、S21(T5790A)、S22(T5816G)等19个SNPs位点在内含子中,S2(C644T)、S8(C2660T)和S9(A2751T)等3个SNPs位点位于外显子中,其中S2、S9属于非同义突变,S8为同义突变.此外,本研究获得的OnC9 SNPs位点中有一半为碱基转换产生,另一半为碱基颠换产生.通过snapshot分型法对易感群体(susceptible group,SG)(84尾)和抗病群体(resistance group,RG)(81尾)进行了分型,并利用Popgen32软件统计分析了尼罗罗非鱼OnC9各个SNPs位点在两个群体的多态性和遗传参数,结果显示多态信息含量(polymorphism information content,PIC)值为0.09～0.37,表明所有SNPs位点均为中度或低度多态.采用SPSS 20软件分析了22个SNPs位点在两个群体中的基因型频率、等位基因频率,并采用卡方检验其显著性,分析其与抗病性状之间的相关性,发现S8和S21两个位点与抗病性状显著相关.通过Haploview 4.2软件分析了OnC9中的22个SNPs位点所形成的单倍块和连锁不平衡状态.结果表明,22个位点可构成4个单倍块和11个单倍型.其中GTTAG和ATGA两个单倍型与尼罗罗非鱼链球菌病易感性显著相关(P＜0.05).本研究显示,筛选到的尼罗罗非鱼OnC9的两个SNPs位点和两个单倍型具有用于尼罗罗非鱼抗链球菌(Streptococcus agalactiae)病性状的分子辅助育种的潜力.