尼罗罗非鱼NOD1基因SNP位点和单倍型与抗无乳链球菌感染的关联分析

• 作者: 刘志刚 卢迈新 可小丽 曹建萌 杨先乐 王淼 高风英
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 尼罗罗非鱼 核苷酸结合和寡聚化结构域1基因(NOD1) SNPs 单倍型 无乳链球菌
• 年，卷（期）: 2018,（11）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1949-1961
• 页数: 13页
• 分类号: S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2018.11.014

摘要

核苷酸结合和寡聚化结构域1 (nucleotide binding and oligomerization domain 1,NOD1)基因在鱼类先天免疫中发挥重要作用.为获得与无乳链球菌(Streptococcus ag alactiae)抗性性状相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymophisms,SNPs)标记,本研究克隆了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)NOD1基因组序列(GenBank No.MF479261),并通过克隆测序或PCR产物直接测序法,从20个亲本家系的39尾尼罗罗非鱼的NOD1基因的测序序列中筛选得到44个SNPs位点.通过SNaPshot分型法对子代中的无乳链球菌敏感群体(susceptible group,SG)(83尾)和抗性群体(resistance group,RG)(83尾)进行分型,并利用Popgen 32软件统计分析NOD1基因各SNPs位点在两个群体的多态性和遗传参数.结果显示,对44个SNPs位点中的24个位点进行了成功分型.24个位点的多态信息含量(polymorphism information content,PIC)介于0.09～0.37,所检测SNPs位点呈现出低度或中度多态.通过SNP位点与无乳链球菌抗性/敏感性状之间的关联分析,发现位点SNP5 (G-2284C)与无乳链球菌易感性状显著相关(P＜0.05)、SNP 13 (G-8956C)与无乳链球菌抗性性状显著相关(P＜0.05),SNP12 (G-8955C)与无乳链球菌抗性/敏感性状均显著相关.利用Haploview 4.2软件分析NOD1基因中的24个SNPs位点所形成的单倍块和连锁不平衡情况,结果显示24个位点可构成5个单倍块和16个单倍型,其中单倍块4中的单倍型H4-2(AC)与尼罗罗非鱼无乳链球菌抗性性状显著相关(P＜0.05).上述结果表明,尼罗罗非鱼NOD1基因的3个SNPs位点SNP5、SNP13和SNP12以及单倍型H4-2(AC)可作为分子标记辅助选育的候选分子标记.该研究可为抗链球菌尼罗罗非鱼新品系的选育提供资料基础.