尼罗罗非鱼IPS-1基因SNP位点的筛选及其与链球菌抗性的关联分析

• 作者: 刘志刚 卢迈新 可小丽 曹建萌 朱华平 杨先乐 高风英
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 尼罗罗非鱼 IPS-1 SNPs 单倍型 无乳链球菌
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 20-33
• 页数: 14页
• 分类号: S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2018.01.003

摘要

抗病相关SNP标记的筛选是抗病选育的基础与前提.为获得与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)链球菌(Streptococcus agalactiae)抗性性状相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymophisms, SNPs)标记,本研究通过克隆测序或PCR产物直接测序法,从20个亲本家系的39尾尼罗罗非鱼的β干扰素启动子刺激物1(interferon-b promoter stimulator 1,IPS-1)基因的测序序列中筛选得到36个SNPs位点.通过snapshot分型法对子代中的链球菌敏感群体(susceptible group,SG)(82尾)和抗性群体(resistance group,RG)(84尾)进行分型,并利用Popgen32软件统计分析IPS-1基因各SNPs位点在两个群体的多态性和遗传参数,结果显示,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)介于0.02～0.37,所检测SNPs位点呈现出低度或中度多态.通过SNP位点与链球菌抗性/敏感性状之间的关联分析,发现位点S8(T-3059C)与链球菌敏感性状显著相关(P＜0.05).利用Haploview 4.2软件分析IPS-1基因中的36个SNPs位点所形成的单倍块和连锁不平衡情况,结果显示,36个位点可构成6个单倍块和22个单倍型;其中单倍块2中的单倍型H2-3(GTTG)和单倍块3中的H3-4(TTDGTTGAGCGCCA)、H3-2(CCDGTTGAGCGCCA)3个单倍型与尼罗罗非鱼链球菌敏感性状显著相关(P＜0.05),单倍块3中的单倍型H3-5(TCDGTTGAGCGCCA)则与尼罗罗非鱼链球菌抗性性状显著相关(P＜0.05).上述结果表明,筛选到的尼罗罗非鱼IPS-1基因的1个SNPs位点和4个单倍型可作为抗链球菌病尼罗罗非鱼选育的候选分子标记.该研究可为抗链球菌病尼罗罗非鱼新品系的选育提供了资料基础.