瓜类褪绿黄化病毒新疆分离物基因组分析

• 作者: 刘珊珊 刘莉铭 古勤生 吉艳玲 吴洋 张以和 张学军 彭斌
• 来源期刊: 植物病理学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甜瓜 瓜类褪绿黄化病毒 基因组 遗传变异
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 病原学
• 页码范围: 730-737
• 页数: 8页
• 分类号: S432.41
• 语种: 中文
• DOI: 10.13926/j.cnki.apps.000117

摘要

2016年秋季,新疆维吾尔自治区吐鲁番市哈密瓜大面积发生叶片黄化和褪绿的病害,症状呈瓜类褪绿黄化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)引起的典型特征.通过CCYV的特异性引物对该疑似样本进行了RT-PCR检测,获得了预期大小的扩增片段.随后,对新疆的CCYV分离物(CCYV-Xinjiang)全长基因组进行克隆并测序,获得了CCYV-Xinjiang分离物的RNA1和RNA2全长序列信息.对CCYV-Xinjiang和来自GenBank数据库的其他CCYV分离物的基因组序列分析,不同分离物RNA1和RNA2两条链的一致性分别是99.65％～ 99.93％和99.68％～99.89％.单独对基因组的各个非翻译区(UTRs)和编码区的核苷酸变异分析,数据表明不同区域其变异程度不同,其中RNA2的3'UTR区域变异最大,而RNA1的2个UTRs区域变异最小.对已登录GenBank的所有CCYV分离物基因组系统进化树分析结果表明,所有分离物聚在同一个组.另外,对来自GenBank的18个分离物的外壳蛋白(CP)氨基酸序列进行系统进化树分析,表明来自伊朗的3个分离物分在组2(GroupⅡ),而来自亚洲其他地区的分离物均被分到组1(Group Ⅰ).基于CCYV基因组的信息,发现来自亚洲地区的CCYV的群体遗传变异很小.