绿针假单胞菌泛基因组分析及次级代谢通路挖掘

• 作者: 张春芬 曹秋芬 肖蓉 邓舒
• 来源期刊: 山西农业科学
• 关键词: 绿针假单胞菌 泛基因组 次级代谢通路
• 年，卷（期）: 2020,（11）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 1711-1717
• 页数: 7页
• 分类号: S476.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2481.2020.11.03

摘要

为了对生防细菌绿针假单胞菌的基因组信息进行深入探索,全面描述绿针假单胞菌的特征并挖掘其次级代谢产物,从NCB1数据库中获得46个绿针假单胞菌的基因组,利用泛基因组分析软件和次级代谢产物挖掘软件对其进行分析.结果 表明,46株菌的基因组大小在6.61～7.23 Mb,GC含量为62.0％～63.2％,共分为4个亚种,在进化树上被归为4个分支;泛基因组分析发现,其含有13 296个基因家族,其中,核心基因家族有3 653个,特有基因家族有3 968个.次级代谢产物合成基因簇预测分析发现,46个绿针假单胞菌基因组中有27类、643个次级代谢基因簇,4个亚种中均含有的主要基因簇是高丝氨酸内酯、非核糖体肽合成酶、丁内酯、细菌素和吩嗪;且绿针假单胞菌中还有大量未开发的次级代谢产物.该研究明确了绿针假单胞菌的泛基因组和核心基因组特征,预测了其次级代谢产物,有助于全面了解绿针假单胞菌的特征及深入开发利用该菌株.