环状芽孢杆菌泛基因组分析及次级代谢通路挖掘

• 作者: 刘洪伟 姚彩苗 张丽萍 汪步青 赵雯雅 郑利艳
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 环状芽孢杆菌 泛基因组 次级代谢 基因组挖掘
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 130-136
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2019-0266

摘要

旨为对环状芽孢杆菌基因组进行更深入的了解,并探索其次级代谢通路.从NCBI数据库下载了9个环状芽孢杆菌的基因组,利用系统发育分析软件、泛基因组分析软件和次级代谢产物挖掘软件对其进行了分析.9株菌的基因组大小在5.01-9.63 Mb之间,在进化树上被归为了两个分支.通过泛基因组和核心基因组分析,发现其泛基因组含有9572个基因家族,核心基因组由3622个基因家族组成;共鉴定出4593个特有基因,其中菌株NCTC2610的特有基因最多(3030个),而菌株NBRC 13626的特有基因最少(39个).通过次级代谢产物合成基因簇分析,9个环状芽孢杆菌基因组中共发现6类、32个次级代谢基因簇,重复出现最多的代谢通路是羊毛硫肽、套索肽和萜烯类化合物合成通路.通过本研究,明确了环状芽孢杆菌的泛基因组和核心基因组大小,预测了其次级代谢通路,有助于我们全面了解环状芽孢杆菌,为进一步更好地利用该菌株提供线索.