副地衣芽孢杆菌FA6全基因组测序及比较基因组学分析

• 作者: 丰文雯 吴山功 赵帝
• 来源期刊: 水生生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 副地衣芽孢杆菌 全基因组测序 比较基因组学 碳水化合物活性酶
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 页码范围: 261-267
• 页数: 7页
• 分类号: Q344+.1
• 字数: 5112字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7541/2020.031

摘要

副地衣芽孢杆菌(Bacillus paralicheniformis)FA6是一株从草鱼肠道内分离出来的细菌,其具有淀粉酶和纤维素酶等多种碳水化合物酶活性.为深入研究副地衣芽孢杆菌FA6可能的益生机制,研究通过三代测序技术测定了副地衣芽孢杆菌FA6的全基因组序列,运用生物信息学方法进行基因组组装、基因预测和功能注释.同时通过比较基因组学方法,比较分析了副地衣芽孢杆菌FA6与4株基因组序列已经发表的芽孢杆菌基因组结构和功能的差异.结果发现副地衣芽孢杆菌FA6全基因组由1条环状染色体组成,大小为4450579 bp,GC含量为45.9％.副地衣芽孢杆菌FA6基因组中含有128个蛋白酶基因,32个脂肪酶基因和72个糖苷水解酶基因,这些基因与食物降解相关;此外,细菌基因组中还含有7个编码羊毛硫抗生素相关的基因.比较基因组结果显示,副地衣芽孢杆菌FA6与其他4株芽孢杆菌的基因组共线性关系较好,但是与地衣芽孢杆菌菌株相比,菌株FA6基因组特征更接近于副地衣芽孢杆菌菌株.副地衣芽孢杆菌FA6基因组中编码纤维素酶、半纤维素酶和淀粉酶的基因数量分别为5、7和5个,多于其他菌株,能够更好地降解植物多糖.研究结果表明副地衣芽孢杆菌FA6高度适应植物性成分,反映了该菌株在草鱼肠道中的适应性进化,该菌株可能可以作为益生菌用于水产养殖.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴山功	中国科学院水生生物研究所农业部水产养殖病害防控重点实验室淡水生态与生物技术国家重点实验室	9	69	5.0	8.0
5	赵帝	中国科学院水生生物研究所农业部水产养殖病害防控重点实验室淡水生态与生物技术国家重点实验室	2	0	0.0	0.0
9	丰文雯	中国科学院水生生物研究所农业部水产养殖病害防控重点实验室淡水生态与生物技术国家重点实验室	1	0	0.0	0.0