莠去津降解菌泛基因组测序及比较基因组分析

• 作者: 付海燕 刘春光 朱姗姗 杨峰山 王娅丽 马玉堃
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 莠去津 微杆菌属 泛基因组 比较基因组分析 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 90-99
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2019-0360

摘要

Arthrobacter aurescens TC1和Pseudomonas sp.ADP是目前莠去津降解菌的模式菌株,筛选出Microbacterium sp.HBT4,旨在挖掘这3株不同种属细菌基因组间生物学信息的异同,并预测重要基因.通过Illumina Hiseq 4000测序平台采用DNA小文库制备和测序技术,进行了泛基因组测序,使用相关软件进行基因组组分分析、基因功能注释、基因间变异检测和比较基因组学分析,将分离得到的微杆菌HBT4与模式菌株进行核苷酸组成、共线性及菌株间变异差异分析.得到该菌株基因组大小约为3.53 Mb,预测到菌株HBT4编码基因3397个、重复序列含量为1.33％、非编码RNA 63个,通用数据库基因功能注释共3324个,专用数据库基因功能注释共1149个,通过菌株间差异变异分析发现SNP、Small InDel和水平转移基因,未发现结构变异基因,获得该菌株特有基因中GO注释到的基因在细胞组分、分子功能和生物学进程中的数量和比例,从KEGG代谢通路富集图中发现特有基因编码的二氢硫基赖氨酸残基琥珀酰转移酶位于三羧酸循环中 α-酮戊二酸和琥珀酰辅酶A的代谢通路之间.获得3个菌株核心基因组与非必需基因组比例分布、系统进化树和共线性关系,发现三者之间共有基因家族986个、菌株HBT4特有基因家族1171个.得到的菌株HBT4与两株模式菌株相比,其基因家族之间既有相同之处,又有较大差异.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨峰山	黑龙江大学生命科学学院黑龙江省普通高校微生物重点实验室	27	168	7.0	12.0
2	付海燕	黑龙江大学生命科学学院黑龙江省寒地生态修复与资源利用重点实验室	8	33	2.0	5.0
3	马玉堃	黑龙江大学农业微生物技术教育部工程研究中心	10	46	4.0	6.0
4	王娅丽	黑龙江大学农业微生物技术教育部工程研究中心	1	0	0.0	0.0
5	朱姗姗	黑龙江大学生命科学学院黑龙江省寒地生态修复与资源利用重点实验室	1	0	0.0	0.0