海洋青铜小单孢菌FIM 02-523全基因组测序及分析

• 作者: 方志锴 林风 江红 连云阳
• 来源期刊: 中国抗生素杂志
• 关键词: M.chalcea FIM 02-523 全基因组测序 生物合成基因簇 Rakicidins 生物合成途径
• 年，卷（期）: 2018,（11）
• 所属期刊栏目: 微生物药物筛选
• 页码范围: 1364-1370
• 页数: 7页
• 分类号: Q93
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-8689.2018.11.007

摘要

青铜小单孢菌(Micromonospora chalcea,M.chalcea)FIM 02-523能够合成对乏氧肿瘤细胞、艰难梭菌等具有活性的环脂肽类化合物rakicidins.利用Illumina HiSeq高通量测序平台,本研究首次对M.chalcea FIM 02-523进行全基因组测序,得到总长约6.74Mb的序列信息.分析表明基因组GC含量为72.89％,包含了6167个蛋白编码序列.利用AntiSMASH预测基因组中存在19个生物合成基因簇.结合PKS/NRPS生物合成特征和rakicidins化学结构特点,定位到了rakicidins的生物合成基因簇,并初步推测其生物合成途径.研究为M.chalcea FIM 02-523的功能基因组学研究和代谢调控提供了理论基础.