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Actinoplanes sp.N902-109全基因组序列测定及分析
Actinoplanes sp.N902-109全基因组序列测定及分析
作者:
胡海峰
芦现杰
黄鹤
原文服务方:
中国抗生素杂志
Actinoplanes sp.N902-109
基因组测序
雷帕霉素
生物合成基因簇
摘要:
Actinoplanes sp.N902-109是继吸水链霉菌ATCC292953后分离的第二株能够产生雷帕霉素的放线菌.采用Roche 454GS FLX测序技术和Sanger法PCR测序技术,我们首次完成了Actinoplanes sp.N902-109全基因组序列测定.Actinoplanes sp.N902-109基因组为环状,长度为9228054bp,GC含量71.3%,编码8212个蛋白,其中5460个编码蛋白被注释有明确的生物学功能.应用AntiSMASH和NRPS predictor软件预测基因组中存在22个次级代谢生物合成基因簇,包含首次鉴定的完整的游动放线菌来源雷帕霉素生物合成基因簇.利用Mummer和Mauve软件对N902-109和已公布的游动放线菌属Actinoplanes SE50/1 1 0和Actinoplanesmissouriensis 431两株菌株全基因组进行比较分析.通过Actinoplanessp.N902-109基因注释和比较基因组学分析,在全基因组水平上了解Actinoplanes sp.N902-109的遗传物质基础,为开展Actinoplanessp.N902-109的代谢调控研究和遗传重组改造奠定基础.
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文献信息
篇名
Actinoplanes sp.N902-109全基因组序列测定及分析
来源期刊
中国抗生素杂志
学科
关键词
Actinoplanes sp.N902-109
基因组测序
雷帕霉素
生物合成基因簇
年,卷(期)
2015,(3)
所属期刊栏目
遗传育种与生物合成
研究方向
页码范围
171-177
页数
7页
分类号
R379|Q344.+1
字数
语种
中文
DOI
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胡海峰
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研究主题发展历程
节点文献
Actinoplanes sp.N902-109
基因组测序
雷帕霉素
生物合成基因簇
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
中国抗生素杂志
主办单位:
中国医药集团总公司四川抗菌素工业研究所
出版周期:
月刊
ISSN:
1001-8689
CN:
51-1126/R
开本:
大16开
出版地:
邮发代号:
创刊时间:
1976-01-01
语种:
chi
出版文献量(篇)
4459
总下载数(次)
0
总被引数(次)
32794
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