龟瓢虫（鞘翅目：瓢虫科）线粒体基因组全序列测定与分析

• 作者: 张永科 张利娟 卢迎春 何霞红 张宏瑞
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 龟瓢虫 线粒体基因组 全序列测定 系统发育
• 年，卷（期）: 2023,（5）
• 所属期刊栏目: 专题：基因组学
• 页码范围: 51-60
• 页数: 10页
• 语种: 中文

摘要

【目的】明确龟瓢虫[Epiverta chelonia(Mader,1933)]线粒体基因组结构特征，分析其系统发育关系，为龟瓢虫的起源、分化和遗传多样性研究提供数据支持。【方法】利用Illumina二代测序技术测定龟瓢虫线粒体基因组，对基因组序列进行注释和分析；基于瓢虫科（Coccinellidae）3亚科[食植瓢虫亚科（Epilachninae）、瓢虫亚科（Coccinellinae）和小毛瓢虫亚科（Scymninae）]11种昆虫的线粒体基因组13个蛋白编码基因（Protein-coding genes,PCGs），采用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育进化树。【结果】龟瓢虫线粒体基因组全长17347 bp，包含37个基因（13个PCGs、22个tRNA基因和2个rRNA基因）和1个非编码的控制区，基因重叠区域共11处，间隔区域共9处。基因组拥有鞘翅目昆虫典型线粒体基因组的基因组成和排列顺序，AT含量为75.77%，表现明显的AT偏向性。13个PCGs中除cox1基因以TTG为起始密码子外，其余均以ATN为起始密码子；nad1和nad3基因以TAG为终止密码子，其余11个基因以TAA为终止密码子。除trnS1基因外，其余21个tRNA的二级结构均为典型的三叶草结构，二级结构中出现少量的G-U碱基错配现象。系统发育进化分析结果表明，龟瓢虫与苜蓿瓢虫（Subcoccinella vigintiquatuorpunctata）处于同一分支上。【结论】龟瓢虫线粒体基因组符合瓢虫科昆虫线粒体基因组的一般特征；龟瓢虫与苜蓿瓢虫的亲缘关系较近，与传统的形态学分类相一致。