高低产群香猪X染色体的结构变异比较分析

• 作者: 冉雪琴 刘畅 王嘉福 黄世会
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 香猪 X染色体 产仔数 结构变异 SV_GPR143
• 年，卷（期）: 2017,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1045-1058
• 页数: 14页
• 分类号: S828|Q754
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2017.07.002

摘要

为了明确香猪(Sus scrofa)基因组的结构变化与繁殖调节机制之间的联系,采用二代测序技术对6头香猪进行了基因组重测序.结合数种生物信息学分析方法,从香猪高产组(XH)与低产组(XL)X染色体中检测到丰富的结构变异(structural variations,sv).在香猪X染色体(chrX)上检测到3 246个SVs,进一步比较发现有311个SVs是XH组特有的,138个SVs只存在于XL组,合计449个SVs;XH组chrX染色体上61～109 Mb发现一个SV热点区域,XH组的热点区中有138个SVs,其中65个为缺失类型.449个SVs中,80个SVs位于基因内,影响了47个蛋白编码基因,31个基因位于繁殖相关的数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)区域内,其中包括NLGN4X、GPR143、ZDHHC15、ATRX、NXF2、AMOT、GRIA3、THOC2等.对47个基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析表明这些基因涉及繁殖、免疫及脂代谢相关的生物功能和通路,如肾上腺发育(adrenal gland development)、胞内类固醇激素受体信号调控通路(regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway)、RIG-I受体信号通路(RIG-I-like receptor signaling pathway)和脂蛋白代谢过程(lipoprotein metabolic process).利用PCR方法对10/47个SVs进行群体验证,得出SV_ GPR143在高低产群中存在差异(P＜0.05),基因型DD的产仔数低于基因型NN的产仔数(n=1.96,P＜0.05),与产仔数有一定的相关性(p=0.217).本研究深入细致的SV分析表明XH组存在更为丰富的SVs,可为解析香猪产仔数变化的遗传机制提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	冉雪琴	贵州大学动物科学学院	122	584	12.0	18.0
2	黄世会	贵州大学动物科学学院	6	5	2.0	2.0