11种鲈形目鱼类的核糖体基因GC含量及其与硬骨鱼类的特征比较

• 作者: 司李真 孔晓瑜 时伟 杨敏 武宝生 龚理
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 编码基因 间隔区 18S 5.8S ITS1 ITS2
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 657-668
• 页数: 12页
• 分类号: S963
• 字数: 7237字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2017.16292

摘要

核糖体基因为串联重复多拷贝的基因,包括3个编码基因(18S,5.8S,28S)和两个间隔区ITS1(internal tran-scribed spacer 1)和ITS2(internal transcribed spacer 2).目前,对核糖体基因的相关报道主要集中在个体内不同拷贝间的多态特征,以及其作为分子标记在系统演化关系中的应用,GC含量作为一项非常重要的核苷酸序列指标,而鲜有报道.为了探讨鱼类的核糖体基因GC含量特征以及间隔区是否也存在GC平衡现象,本研究选择了鲈形目(Perciformes)5科11种鱼类5个片段的核糖体基因进行研究,包括尖吻鲈科(Latidae)、射水鱼科(Toxotidae)、军曹鱼科(Rachycentridae)、剑鱼科(Xiphiidae)、鲹科(Carangidae).获得了1651个单克隆序列,通过分析并比较已有的其他硬骨鱼序列片段的GC含量变化特征,结果发现:本研究鱼类的18S的GC含量为52.6%~57.1%(平均54.6%),5.8S为55.6%~58.9%(平均57.4%),28S为64.2%~65.8%(平均64.6%),ITS1为56.5%~73.0%(平均65.0%),ITS2为62.3%~77.5%(平均69.1%).编码区的GC含量相对较保守,变异范围较小,18S和5.8S变化范围明显小于间隔区,28S则位于间隔区的最低值和最高值之间.因此,我们发现硬骨鱼核糖体ITS高于60%的GC含量是该类群的一个特征,并且高GC含量的ITS1和ITS2序列中不存在明显的高GC富集区,其含量高低的变化与序列长度也没有相关性.本研究11种鱼类的ITS1和ITS2的GC含量在种内的相似性既有大于也有小于种间相同片段的相似性,因此GC平衡现象只存在部分种类中.本研究结果可为鱼类核糖体基因序列特征的进一步研究及利用提供科学依据.