高通量测序和实时荧光定量PCR分析何首乌肝损伤与肠道微生物组的关系

• 作者: 井潇 吴纯启 唐春萍 杨威 江涛 王全军 董延生 许赫雷 赵春雪 邓红
• 来源期刊: 药物评价研究
• 学科: 医学
• 关键词: 高通量测序 实时荧光定量PCR 何首乌 肝损伤 肠道微生物组
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 毒理学评价专栏
• 页码范围: 464-471
• 页数: 8页
• 分类号: R965
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.1674-6376.2017.04.006

摘要

目的 采用Illumina高通量测序技术和实时荧光定量PCR (Real-Time PCR,RT-PCR)法研究何首乌(PM)致肝损伤与肠道微生物组间的关系,并验证两种定量方法的一致性.方法 雄性SD大鼠随机分为5组:对照组、脂多糖(LPS)组、LPS+对乙酰氨基酚(APAP)组、PM组和LPS+PM组;大鼠尾iv给予4.0 mg/kg LPS建立肝损伤模型,各组相应每天1次ig给予0.625 g/kg APAP和12g生药/kg PM,记录大鼠体质量;分别于造模后2、14h、5和8d,对大鼠粪便中细菌16SrRNA基因的V4高变区进行Illumina高通量测序,根据测序结果得出的差异物种,采用RT-PCR进行验证;取造模后8d大鼠肝脏组织,HE染色,光学显微镜观察.结果 大鼠肝脏病理学检查结果显示,与对照组比较,LPS组大鼠存在肉芽肿,PM组无异常病变;与LPS组比较,LPS+PM大鼠肝细胞出现轻度变性和微小肉芽肿增多,LPS+APAP组可见微小肉芽肿和淋巴细胞浸润.Illumina高通量测序结果提示,与对照组比较,随着PM给药次数增加,单独给予PM的大鼠肠道微生物无显著变化;LPS+PM组表现为肠球菌科和毛螺旋菌科细菌逐渐增加,乳杆菌属细菌减少,且与LPS组有差异;RT-PCR结果显示,与对照组比较,随着PM给药次数的增加,单独给予PM的大鼠肠道微生物无显著变化;LPS+PM组肠球菌科、毛螺旋菌科细菌数显著增加(P＜0.05),乳杆菌属细菌数显著减少(P＜0.05),且与LPS组比较有显著差异.结论 PM肝损伤大鼠存在不同程度的菌群失衡,且Illumina高通量测序和RT-PCR检测结果具有良好的一致性,但Illumina高通量测序技术可获得更多的微生物信息,更具优势.