基于HRM获得与桃Tssd紧密连锁的SNP标记

• 作者: 崔国朝 张南南 曾文芳 潘磊 牛良 王志强 鲁振华
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 桃 高分辨率熔解曲线 SNP基因分型 温度敏感半矮生型
• 年，卷（期）: 2017,（8）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 1505-1513
• 页数: 9页
• 字数: 4460字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.08.014

摘要

[目的]植物中,SNP标记具有分布广泛、分辨率高、共显性和多态性高等特点,是遗传研究的常用分子标记.桃全基因组测序完成,获得了大量SNP位点.利用现有的SNP数据进行简单、快速的SNP基因分型是基因定位、品种鉴定和图谱构建等后续研究的基础.文章拟建立采用高分辨率熔解曲线进行不同类型SNP的基因分型方法,以获得与桃温度敏感半矮生型基因紧密连锁的分子标记.[方法]以普通生长型(ST)单株97-32-46为母本,温度敏感半矮生型单株03-94-2 (Tssd)为父本进行人工杂交,利用其分离群体96个后代单株为研究材料.在定位目标基因的区间内开发连锁和不同类型的SNP标记的基础上,采用高分辨率熔解曲线进行SNP的基因分型并获得与目标性状紧密连锁的SNP标记. [结果]明确了DNA模板和Mg2+是影响基因分型的关键因子,并确立了反应体系最佳浓度区间.在15 μL反应体系中模板DNA的量低于5.0 ng时或Mg2+浓度低于1.6μmol·L1时则不能完成PCR扩增和基因分型;根据亲本基因型和表型一致的SNP位点设计引物,扩增片段长度在140 bp左右.高分辨率熔解曲线分析可对由单个核苷酸变异引起的4种不同类型的SNP(A/T、A/G、A/C和C/G)进行基因分型,并正确区分了温度敏感半矮生型和普通生长型,与进行Sanger测序鉴定的结果一致.采用96孔板对温度敏感半矮生型和普通生长型各48个分离后代单株进行了PCR扩增和基因分型,确定了遗传距离.分型结果表明高分辨率熔解曲线分析技术可以将96个样杂交后代单株分为温度敏感半矮生型和普通生长型2种,正确地区分了A/A基因型和A/T基因型.在96个样品中仅1个没有成功扩增,在温度敏感半矮生型和普通生长型中各存在1个重组单株.获得与温度敏感半矮生型基因紧密连锁的SNP标记,遗传距离为2.11 cM.[结论]建立了基于高分辨率熔解曲线分析的SNP基因分型.尽管高分辨率熔解曲线分析技术无法区分两种不同纯合类型的SNP变异,但仍不失为区分已知变异SNP的有效方法.在已经获得桃大量SNP的基础上,该体系可用于桃的基因定位、遗传多样性和品种鉴定等研究.