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2010-2012年广州地区人冠状病毒分子进化分析
2010-2012年广州地区人冠状病毒分子进化分析
作者:
周凯
庹玖玲
张甜
张素粉
徐霖
曹开源
杨权
罗洪娇
黄旭斌
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
呼吸道感染
人冠状病毒OC43
人冠状病毒NL63
人冠状病毒229E
分子进化
摘要:
目的 了解2010-2012年广州地区发热呼吸道感染患者的人冠状病毒各亚型分子进化情况.方法 采用RT-PCR法扩增HCoV-OC43、HCoV-229E和HCoV-NL63阳性标本的NP、RdRp和S基因部分片段,构建载体后进行测序,利用Bio-edit、Mega4.0、Clustal1.83等生物信息学软件对测序成功的基因序列进行比对和分析,建立HCoV-OC43、HCoV-229E和HCoV-NL63不同基因区域的分子进化树.结果 2010-2012年期间,HCoV-OC43、HCoV-229E和HCoV-NL63亚型在广州均未检测到重大变异株或重组株.HCoV-OC43与Belgium和中国香港来源流行株亲缘关系较近(GenBank登录号JN129834和AY903460);HCoV-229E与Amsterdam来源的病毒株亲缘关系最近(GenBank登录号JX503060);HCoV-NL63与中国北京和Amsterdam来源的流行株亲缘关系较近(GenBank登录号JX104161和DQ445911).各亚型NP和RDRp为保守基因,S基因变异较大.结论 2010-2012年期间,广州至少存在3种HCoV-OC43、HCoV-229E和HCoV-NL63流行株,没有发现重大变异株或重组株.各亚型NP和RDRp均为保守基因,可用于病毒的检测,S基因变异较大,适用于对分子变异规律的研究.
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篇名
2010-2012年广州地区人冠状病毒分子进化分析
来源期刊
中华实验和临床病毒学杂志
学科
关键词
呼吸道感染
人冠状病毒OC43
人冠状病毒NL63
人冠状病毒229E
分子进化
年,卷(期)
2017,(3)
所属期刊栏目
论著
研究方向
页码范围
212-217
页数
6页
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.3760/cma.j.issn.1003-9279.2017.03.007
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分子进化
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研究去脉
引文网络交叉学科
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期刊影响力
中华实验和临床病毒学杂志
主办单位:
中华医学会
出版周期:
双月刊
ISSN:
1003-9279
CN:
11-2866/R
开本:
大16开
出版地:
北京市西城区迎新街100号126室
邮发代号:
18-224
创刊时间:
1987
语种:
chi
出版文献量(篇)
3761
总下载数(次)
8
总被引数(次)
19683
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