2019新型冠状病毒基因组的生物信息学分析

• 作者: 丘栋安 刘畅 施劲松 李鑫 赵强 阮吉寿 陈嘉源 高山
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 冠状病毒 SARS 可变翻译 SARS-CoV-2 跨物种传播
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 96-102
• 页数: 7页
• 分类号: Q93
• 字数: 6415字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/202001007

摘要

2019年12月,中国武汉报道了冠状病毒引起的肺炎,其临床症状与2003年爆发的严重急性呼吸综合征(Severe Acute Respiratory Syndrome,SARS)不同,因此推断该病毒可能是冠状病毒的一个新变种.不同于简单使用全基因组序列的其它研究,我们于2018年在国际上首次提出分子功能与进化分析相结合的研究思想,并应用于Beta冠状病毒B亚群(BB冠状病毒)基因组的研究.在这一思想指导下,本研究使用BB冠状病毒基因组中的一个互补回文序列(命名为Nankai complemented pal-indrome)与其所在的编码区(命名为Nankai CDS)对新发布的2019新型冠状病毒基因组(GenBank:MN908947)进行分析以期准确溯源,并对BB冠状病毒的跨物种传播和宿主适应性进行初步研究.溯源分析的结果支持2019新型冠状病毒源自蝙蝠,但与SARS冠状病毒差异巨大,这一结果与两者临床症状差异一致.本研究的最重要发现是BB冠状病毒存在大量的可变翻译,从分子水平揭示了BB冠状病毒变异快、多样性高的特点.从BB冠状病毒可变翻译中获取的信息可应用于(但不限于)其快速检测、基因分型、疫苗开发以及药物设计.另外,我们推断BB冠状病毒可能通过可变翻译以适应不同宿主.基于大量基因组数据的实证分析,本研究在国际上首次从分子水平尝试解释了BB冠状病毒变异快、宿主多且具有较强的宿主适应性的原因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘畅	南开大学医学院	90	588	13.0	22.0
2	赵强	南开大学生命科学学院	19	99	4.0	9.0
3	李鑫	南开大学生命科学学院	15	33	3.0	5.0
4	高山	南开大学生命科学学院	9	45	3.0	6.0
5	阮吉寿	南开大学数学科学学院	6	21	2.0	4.0
6	陈嘉源	南开大学生命科学学院	2	0	0.0	0.0
7	施劲松		2	0	0.0	0.0