QM/MM在计算DNA与配体评分函数的准确性研究

• 作者: 冯荣楷 刘若云 林凯盈 许梦莹 陈趣汶
• 来源期刊: 计算机与应用化学
• 学科: 化学
• 关键词: 计算机辅助药物设计 评分函数 DNA-配体 Surflex-Dock.QM/MM
• 年，卷（期）: 2017,（9）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 669-672
• 页数: 4页
• 分类号: TQ015.9|TP391.9|O6-39
• 字数: 2497字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16866/j.com.app.chem201709004

摘要

目的:评估QM/MM方法和Surflex-Dock分子对接程序对DNA-配体复合物模拟的准确性.方法:从蛋白质数据库(ProteinData Bank)下载DNA-配体复合物的三维结构,利用计算机辅助药物设计的分子对接程序Surflex-Dock模拟出147个诱饵化合物(decoys)并计算其结合分数(binding score).然后将得出的分数与从QM/MM计算的结合能力以Z-score和辨别力(DP)作比较.从而评估Surflex-Dock和QM/MM的准确性.结果:Surflex-Dock的DPi值比QM/MM高,显示Surflex-Dock的辨别力较低.结论:因QM/MM计算速度慢,本研究认为Surflex-Dock可用作快速虚拟筛选,而较准确的QM/MM则适合用于对拥有较高结合分数的化合物进行再评分(rescoring).

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	冯荣楷		9	37	4.0	6.0
2	刘若云		1	0	0.0	0.0
3	陈趣汶		1	0	0.0	0.0
4	林凯盈		1	0	0.0	0.0
5	许梦莹		1	0	0.0	0.0