采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术分析小熊猫胃肠道菌群的多样性

• 作者: 余建秋 倪学勤 刘倩 周毅 曾东 曾燕 李杨 熊律晨 牛李丽 邓家波
• 来源期刊: 动物营养学报
• 学科: 农学
• 关键词: 小熊猫 胃肠道菌群 PCR-DGGE 多样性 克隆测序
• 年，卷（期）: 2017,（9）
• 所属期刊栏目: 分子营养
• 页码范围: 3167-3174
• 页数: 8页
• 分类号: S826
• 字数: 5441字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-267x.2017.09.019

摘要

本试验旨在研究小熊猫胃肠道菌群多样性.采用聚合酶链式反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术结合条带的克隆测序、聚类分析和主成分分析(PCA)检测小熊猫胃肠道菌群结构及多样性.结果表明:1)PCR-DGGE图谱显示小熊猫胃肠道中有大量菌群,且不同部位的菌群结构存在一定的差异,相邻肠段菌群结构具有一定的相似性.结肠和粪便样品的菌群多样性较高,其次为胃和直肠样品,而空肠和回肠样品菌群多样性较低.2)小熊猫胃肠道菌群PCR-DGGE图谱中测序的条带大多数归为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroides)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia),共性条带主要是未培养拟杆菌门细菌(uncultured Bacteroidetes bacterium)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、未培养梭状芽孢杆菌(uncultured Clostridium sp.)、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)和食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria),其中厚壁菌门为优势菌群;特异性条带主要是丛毛单胞菌(Comamonas sp.)、梭菌属(Clostridium sp.)和Akkermansia.由此可见,小熊猫胃肠道中栖息着大量菌群,且其多样性按照胃肠道由前至后的顺序呈现高-低-高的趋势.