抗肿瘤多肽9R-P201诱导下的肝癌HepG2细胞转录组测序分析

• 作者: 丁若凡 刘文荣 张一鸣 李宇鹏 李玲 郭志云
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 9R-P201 肝细胞癌 转录组测序 基因
• 年，卷（期）: 2017,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 210-215
• 页数: 6页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2017-0053

摘要

旨在探索多肽9R-P201处理肝癌HepG2细胞后基因融合、单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)突变、可变剪接等事件,并分析差异表达基因所参与的生物学进程与信号通路,以期解析多肽9R-P201在转录组水平对肝癌细胞的调控.通过转录组测序检测9R-P201处理肝癌HepG2细胞前后基因差异表达情况,tophat-fusion软件检测基因融合,SAMTOOLS软件检测SNP位点,rMATS软件鉴定可变剪接,使用基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析方法对差异表达基因进行功能富集分析.结果共检测到可变剪接事件276个、SNP位点5557个、基因融合事件45个;同时共得到显著差异表达基因403个,其中上调269个而下调134个,基因的功能富集分析结果显示差异表达基因显著富集细胞生长、迁移等肿瘤相关生物进程,并参与多条与癌症相关的信号通路.研究表明在9R-P201诱导HepG2细胞后,导致表达差异基因显著与肿瘤生物学进程和通路相关,并发生了大量可变剪接、SNP突变、基因融合等事件,这暗示着该多肽有望作为后续肝癌介入治疗潜在药物分子.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李玲	成都市第三人民医院病理科	24	224	8.0	14.0
2	郭志云	西南交通大学生命科学与工程学院	14	41	4.0	6.0
3	丁若凡	西南交通大学生命科学与工程学院	4	3	1.0	1.0
4	李宇鹏	西南交通大学生命科学与工程学院	3	3	1.0	1.0
5	张一鸣	西南交通大学生命科学与工程学院	3	3	1.0	1.0
6	刘文荣	西南交通大学生命科学与工程学院	2	2	1.0	1.0