不同物种聚集蛋白聚糖基因编码区生物信息分析

• 作者: 吴占勇 孔建军 王会旺 王祺 赵朝晖 马建青
• 来源期刊: 动物医学进展
• 学科: 生物学
• 关键词: 物种 聚集蛋白聚糖 aggrecan基因 椎间盘退变 生物信息
• 年，卷（期）: 2018,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 104-109
• 页数: 6页
• 分类号: Q78
• 字数: 4471字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-5038.2018.12.021

摘要

用比较基因组学和生物信息学方法分析人、猕猴、白顶白眉猴、牛、家犬、野猪、羊驼、绵羊、雪貂、褐家鼠、小家鼠、灰仓鼠和原鸡共13个物种的聚集蛋白聚糖(aggrecan)基因编码区(coding regions,CDS)的遗传多样性,并对该基因编码蛋白的氨基酸序列、理化性质、信号肽和蛋白质二级结构进行预测,为建立脊柱退行性病变的动物模型提供理论支持和基础资料.所研究13个物种的50条基因序列中共检测到多态位点3081个,其中有单一多态位点88个,占全部多态位点的百分率约为1.60％,检测到单体型22种.组成聚集蛋白聚糖核心蛋白(aggrecan core protein)的氨基酸表现为亲水性、理论等电点均小于7、肽链的不稳定系数在44.59～53.92,13个物种的aggrecan核心蛋白氨基酸序列中含有信号肽,但物种间氨基酸序列信号肽的裂解位点存在差异;蛋白质的二级结构主要以无规则卷曲、延伸主链和α-螺旋形式存在,三者所占比例分别为59.84％～69.14％、23.56％～30.06％和5.70％～10.10％,未发现其他二级结构.研究表明aggrecan基因编码区在种内表现较为保守,种间则表现有较丰富的遗传多样性,所编码蛋白属于分泌蛋白,多肽链为酸性且不稳定,蛋白质二级结构无特殊表现.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孔建军	冀中能源邢台矿业集团总医院动物实验室	17	48	3.0	6.0
2	王会旺	冀中能源邢台矿业集团总医院动物实验室	3	25	2.0	3.0
3	吴占勇	冀中能源邢台矿业集团总医院动物实验室	18	77	4.0	8.0
4	王祺	冀中能源邢台矿业集团总医院动物实验室	14	46	4.0	6.0
5	赵朝晖	冀中能源邢台矿业集团总医院动物实验室	5	9	2.0	3.0
6	马建青	冀中能源邢台矿业集团总医院动物实验室	2	0	0.0	0.0