不同DNA条形码基因在帘蛤目贝类分类鉴定中的比较分析

• 作者: 刘寒苗 刘志鸿 吴彪 周丽青 孙秀俊 孙超 杨爱国 赵庆
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: DNA条形码 帘蛤目 比较分析 有效性
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 880-890
• 页数: 11页
• 分类号: S917
• 字数: 4520字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.17358

摘要

DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究.为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从GenBank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证.结果表明,根据"10倍法则"和"2％"阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1％物种,16S rRNA能够鉴定60.9％,18S rRNA鉴定16.7％,而28S rRNA无法有效鉴定;多数种COI和16S rRNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在"条形码间隙",而18S rRNA和28S rRNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显"条形码间隙";聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9％的个体与同种聚为单系,以16S rRNA序列,65.6％的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S rRNA和28S rRNA呈现的聚类关系相对混乱.相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S rRNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S rRNA和28S rRNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因.研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料.