青稞响应燕麦镰孢菌侵染的转录组分析

• 作者: 曹素芳 李敏权 李雪萍 漆永红
• 来源期刊: 草原与草坪
• 学科: 农学
• 关键词: 青稞 燕麦镰孢菌 转录组 互作机制
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 35-42
• 页数: 8页
• 分类号: S512.3
• 字数: 5173字
• 语种: 中文

摘要

为了明确青稞与燕麦镰孢菌在转录水平上的互作,以抗病青稞NQK-01-03和感病青稞甘青2号为材料,以Illumina HiSeq Xten为平台,对抗感病青稞在接菌前、接菌20 d和40 d后茎基部的转录组进行测序.结果表明:经过测序质量控制,抗感病青稞茎基部共得到112.97Gb Clean Data.DEGs基因表达注释共获得差异表达基因4280个,其中,上调基因2037个,下调基因2243个.通过BLAST软件与COG、GO、KEGG、KOG、NCBI-NR、Pfam、Swiss-Prot和eggNOG数据库进行比对,28869条Unigene获得注释信息,NCBI-NR数据库注释到的Unigene数量最多达到3981条,占全部注释基因的13.79％.差异表达基因的KEGG通路富集Q-value≤0.05主要有5条,分别为苯丙氨酸代谢、异喹啉类生物碱的生物合成、酪氨酸代谢、苯丙基类生物合成和光合作用天线蛋白.抗病青稞NQK-01-03和感病青稞甘青2号之间GO注释系统包含生物学过程、细胞组分和分子功能3个主要分支.eggNOG和NCBI-NR注释的新基因数目最多分别达到1833和2396个,所占比例分别为59.22％和77.42％.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	曹素芳	甘肃省农业科学院林果花卉研究所	58	181	7.0	9.0
2	李雪萍	甘肃省农业科学院植物保护研究所	10	25	3.0	5.0