小麦条锈菌产孢转录组分析

• 作者: 张贺平
• 来源期刊: 山西农业科学
• 关键词: 小麦条锈菌 转录组 差异表达基因 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 131-135
• 页数: 5页
• 分类号: S435.121.4+2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2481.2020.02.01

摘要

为研究不同毒力小麦条锈菌侵染过程中基因表达差异,通过RNA-seq测定其转录组并分析差异表达基因.结果表明,每个小麦条锈菌转录组文库产生8000万～9000万条读长,其中,至少71.15％的读长可以比对到参考基因组.将读长转换计算出FPKM值并比较多个基因表达水平,FPKM值小于15的基因数分别占对应文库的79.17％、79.24％、80.01％和79.41％,FPKM值大于60的基因数所占比例均低于7.0％,而FPKM值大于10000的基因在CY31、CY32、CY33和V26菌系样品文库中分别有7、8、7、7个.从|log2Fold change|≥1且FDR<0.005这2个水平评估小麦条锈菌CY31、CY32、CY33和V26菌系间差异表达基因,结果显示,差异水平变化主要集中在6倍以内,差异倍数最大的一个基因为13倍.将差异表达基因与KEGG数据库比对发现,共有53个基因被注释到了KEGG中的36个通路中,其中,显著富集通路(P<0.05)有5个,主要参与到氧化磷酸化、淀粉和糖代谢等通路中.可见,小麦条锈菌CY31、CY32、CY33和V26菌系间产孢时在糖类的代谢、磷酸化等方面变化明显,说明小麦条锈菌产孢可能受糖代谢系统的调节.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张贺平		2	1	1.0	1.0