云锦杜鹃转录组分析

• 作者: 杨彬 林二培 楼雄珍 童再康 许蔷薇
• 来源期刊: 浙江农林大学学报
• 关键词: 林木育种学 云锦杜鹃 转录组 基因注释 简单序列重复(SSR)
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 页码范围: 1190-1198
• 页数: 9页
• 分类号: S722.3|Q753
• 语种: 中文
• DOI: 10.11833/j.issn.2095-0756.2019.06.017

摘要

云锦杜鹃Rhododendron fortunei具有很高的园艺观赏价值.由于缺乏相关的遗传信息,云锦杜鹃的多样性、分子辅助育种等工作进展较为缓慢.通过高通量测序技术(Illumina),对云锦杜鹃的转录组进行了测定和分析.通过测序拼接和去冗余共获得84633条单基因簇(unigene)序列,平均长度为691.4 bp.通过与公共数据库比对成功注释到了35526条单基因簇,其中与葡萄Vitis vinifera基因相似的序列最多.根据基因本体论数据库(GO)可将23215个单基因簇归类于生物学过程、 细胞组分及分子功能等三大类的55个功能组;真核直系同源基因数据库(KOG)将11085条单基因簇分为26个功能分类,涉及一般功能预测的单基因簇最多,多达1970条;以京都基因与基金组百科全书(KEGG)作为参考,依据代谢途径可将9887个单基因簇定位到272个代谢通路.进一步分析基因注释结果,挖掘获得24个编码MADS-box基因的单基因簇分属于10个不同亚家族.此外,检测到了21900个简单序列重复(SSR)位点,可用于SSR标记开发.