基于RNA-seq数据的小麦条锈菌SSR标记开发

• 作者: 刘秀峰 时晓伟 梁丹 袁文娅 许静杨
• 来源期刊: 河南农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 小麦条锈菌 转录组 SSR 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 植物保护
• 页码范围: 54-58
• 页数: 5页
• 分类号: S435.121
• 字数: 4259字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2018.01.010

摘要

为开发小麦条锈菌基因组编码区内多态性高的SSR标记,应用MISA软件从4个小麦条锈菌分离物转录组测序数据中搜索SSR位点并设计相应引物.结果表明,在小麦条锈菌转录组2 941条unigenes中发现6 083个SSR位点,SSR发生频率为14.13％,平均每9.84 kb出现1个SSR位点.获得的SSR有144种重复基序,单核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的42.33％和39.90％.T和AAC、ATC、CAT分别是单核苷酸和三核苷酸的优势重复基序.转录组中SSR重复次数以5～12次为主,基序长度主要集中在12～ 20 bp.随机合成100对SSR引物对3个小麦条锈菌分离物基因组DNA进行PCR扩增,有87对引物可以扩增出条带.总之,这些基于转录组发掘的SSR位点出现频率高、类型丰富,在小麦条锈菌群体遗传结构研究、分子标记开发等方面具有一定的应用潜力.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	时晓伟		35	110	5.0	9.0
2	梁丹		19	21	2.0	4.0
3	许静杨		31	127	7.0	9.0
4	袁文娅		11	17	2.0	3.0
5	刘秀峰		9	11	2.0	2.0