基于RNA-seq数据的栽培种花生SSR位点鉴定和标记开发

• 作者: 刘洋 安东升 徐志军 徐磊 胡小文 赵胜
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 花生 RNA-seq数据 SSR位点 基因关联SSR标记 物理图谱
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 695-706,中插1-中插5
• 页数: 13页
• 字数: 12356字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2020.04.003

摘要

[目的]鉴定花生RNA-seq数据中的SSR位点,明确转录组中SSR位点的分布和结构特点,开发与花生基因相关联的SSR标记,为花生重要功能基因的挖掘、等位变异研究和分子标记辅助育种奠定基础.[方法]根据栽培种花生全生育期中22种不同类型的组织RNA-Seq数据,使用MISA软件分析SSR位点分布及特征,采用Primer 3设计基因关联的SSR引物,并利用电子PCR软件对引物的质量进行检测,随机合成38对引物,进行多态性检测.[结果]从52280条转录本中共鉴定19143个SSR位点,分布于14084条转录本,发生频率为26.94％.重复单元类型为单核苷酸—五核苷酸,以单核苷酸和三核苷酸为重复单元的SSR位点数最多,分别占位点总数的39.24％和38.40％.各重复单元优势基序类型分别为A/T、AG/CT、AAG/CTT、AAAG/CTTT和AACAC/GTGTT,占所在重复单元中的比例分别为97.62％、72.01％、30.96％、24.59％和16.67％.重复单元的重复次数为5—47次,单个SSR位点的长度的分布范围为10—47 bp,基序长度主要集中在10—14 bp;复合SSR位点的长度范围为21—249 bp,以31—40 bp为主.鉴定的SSR位点中共有13477个SSR位点可以进行引物设计,其中5020条转录本序列对应到特定的基因,共包含5859个可进行引物设计的SSR位点,这些SSR位点在A基因组和B基因组共20条染色体上不均匀分布,其中B03染色体上SSR位点最多,为484个.对特定基因SSR引物进行电子PCR检测,在A.duranensis、A.ipaensis、A.hypogaea基因组中有效扩增位点分别为4468、4929和10188个,有效引物数分别为3968(67.74％)、4232(72.25％)和5174(88.33％)对,在A.hypogaea基因组中,SSR引物扩增位点主要以2个位点为主,其中,有1477对引物单位点扩增.根据SSR引物扩增位点在栽培种花生基因组中的位置信息绘制了SSR位点的物理图谱.在38对SSR引物中,共有35对(92.1％)SSR引物可以扩增出清晰的条带,其中,有11对(28.9％)SSR引物在2个品种间扩增出差异条带.[结论]鉴定了13477个可进行标记开发的SSR位点,开发、检测了5859个基因相关SSR标记,在栽培种花生基因组中具有较高的扩增效率,并构建了基因相关SSR位点的物理图谱.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵胜	中国农业科学院农业基因组研究所	4	2	1.0	1.0
2	刘洋		14	24	2.0	4.0