DLO Hi-C染色体构象捕获技术

• 作者: 曹罡 李国亮 林达 洪萍
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 三维基因组 染色体构象捕获 Hi-C DLO Hi-C(酶切酶连Hi-C) 染色体易位
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 农业前沿
• 页码范围: 577-579
• 页数: 3页
• 分类号: Q756
• 字数: 2270字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7685/jnau.201806031

摘要

基因组三维结构在DNA复制、DNA损伤修复、基因转录调控中扮演着重要的角色.Hi-C是目前研究基因组三维结构的主要手段之一,但是存在背景噪音大、试验成本高、试验流程繁琐,缺乏对随机连接噪音的评价等缺陷,因而限制了三维基因组学的发展.为此,我们开发了一种简单经济的染色体构象捕获技术,即DLO Hi-C(digestion-ligation-only Hi-C).该技术去掉了生物素标记的步骤,只需要2轮简单的酶切酶连反应即可构建高质量的DLO Hi-C测序文库.为了评价文库中的随机连接噪音的比例,我们在文库构建步骤中加入了噪音评价的步骤.研究结果显示,与当前的in situ Hi-C等方法比较,我们的DLO Hi-C试验时间短、试验成本低、测序成本低,有更多的有效交互数据.将DLO Hi-C应用于肿瘤细胞系,我们找到了已知和新的基因组结构变异.所以,我们希望DLO Hi-C技术将对研究染色体的三维构象、基因的转录调控及基因组的组装有重要的促进作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	林达	华中农业大学农业微生物学国家重点实验室	1	0	0.0	0.0
2	洪萍	华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室	1	0	0.0	0.0
3	李国亮	华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室	2	0	0.0	0.0
4	曹罡	华中农业大学农业微生物学国家重点实验室	2	1	1.0	1.0