不同力场对B-DNA到A-DNA构型转变的影响

• 作者: 张宏 蔡文生 邵学广
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: B-DNA A-DNA 构型转变 CHARMM力场 AMBER力场 自由能计算
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 物理化学
• 页码范围: 1205-1211
• 页数: 7页
• 分类号: O641
• 字数: 3297字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7503/cjcu20180201

摘要

采用分子动力学模拟方法比较了最新版CHARMM和AMBER(包括bsc1和OL15)力场对水溶液中B-DNA到A-DNA转化过程的影响,利用扩展自适应偏置力(eABF)方法计算了转化过程的自由能变化.研究结果表明,在不同力场下,水环境中的DNA最稳定结构存在差异,AMBER力场比CHARMM力场更符合实验结果.AMBER力场下DNA最稳定结构的小沟较窄,稳定于B构型;而CHARMM力场下DNA最稳定结构的小沟较宽,介于B构型与A构型之间.通过分析DNA周围离子及水的分布情况发现,CHARMM力场下DNA小沟周围的离子密度明显低于AMBER力场,不能很好地抵消2条磷酸骨架之间的排斥作用,这是CHARMM力场下小沟较宽且趋向A构型的主要原因.