云南干热河谷地区余甘子转录组分析

• 作者: 万友名 刘秀贤 刘雄芳 安静 张序 李太强 李正红 马宏
• 来源期刊: 林业科学研究
• 关键词: 余甘子 转录组 Unigene 功能注释 编码序列 转录因子 抗性基因
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 页码范围: 1-8
• 页数: 8页
• 分类号: S722
• 语种: 中文
• DOI: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2018.05.001

摘要

[目的]对云南干热河谷地区余甘子转录组特征进行描述,旨在为余甘子微卫星标记的开发和功能基因的挖掘提供较全面的背景信息.[方法]采用Illumina Hiseq 4000测序平台对余甘子叶片进行转录组测序,对原始数据进行过滤、de novo组装及聚类去冗余等处理后,再与公共数据库进行比对,对Unigenes进行基本功能注释、CDS预测、TF编码能力预测及R-Gene预测等分析.[结果]本研究共获得10.52 Gb的Clean reads,Q20、Q30分别为98.47％、95.28％.组装并去冗余后获得76 881条Unigenes,平均长度、N50分别为713、1 257 nt.通过与NR、COG、KEGG和SwissProt数据库进行比对,44 768条Unigenes获得功能注释.余甘子转录组Unigenes根据COG功能注释信息大致分为25类;按GO功能注释信息划分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类47亚类;参考KEGG注释信息,可归为6大代谢通路、21类代谢途径,其中约3/5为代谢相关通路.根据以上注释结果共检测出42 953个CDS,其余未比对上的Unigenes用ESTScan预测后得到2 058个CDS.同时,预测到56个TF家族以及18种R-Gene.[结论]本研究获得的余甘子转录组Unigenes序列的组装质量较高、完整性较好、基因丰富、功能多样,极大地扩充了余甘子基因信息库,为今后余甘子乃至叶下珠属植物功能基因挖掘、抗性机理分析、分子标记开发、分子辅助育种等研究提供了重要的基础数据.