表达谱芯片与DNA甲基化芯片综合分析探索鼻咽癌发生、发展的分子靶标

• 作者: 刘玉智 李杨 门剑龙
• 来源期刊: 临床检验杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 基因芯片 DNA甲基化芯片 鼻咽癌
• 年，卷（期）: 2018,（8）
• 所属期刊栏目: 肿瘤的分子诊断
• 页码范围: 574-578
• 页数: 5页
• 分类号: R446|R739.6
• 字数: 4323字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13602/j.cnki.jcls.2018.08.04

摘要

目的 综合分析表达谱芯片与DNA甲基化芯片,探索鼻咽癌发生、发展的分子靶标与潜在治疗靶点.方法 在GEO公共数据库下载编号为GSE64634的表达谱芯片数据以及编号为GSE52068的DNA甲基化芯片数据;利用R语言的相关工具包对表达谱芯片进行差异表达分析,对DNA甲基化芯片进行差异甲基化位点分析;利用DAVID数据库对筛选出的差异表达基因进行基因功能分析和信号通路分析;利用实时荧光定量PCR和甲基化特异性PCR进一步验证生物信息学分析的结果.结果 表达谱芯片分析获得筛选出2327个差异表达基因,其中1777个基因表达下调,550个基因表达上调;DNA甲基化芯片分析获得2321个差异甲基化位点,其中2228个低甲基化位点,93个高甲基化位点;对表达谱芯片和DNA甲基化芯片进行综合分析,找到4个表达水平升高且甲基化修饰水平降低的基因,并利用定量PCR、表达谱芯片和DNA甲基化芯片成功验证该结果.结论 综合分析表达谱芯片和DNA甲基化芯片,筛选出4个与鼻咽癌发生、发展相关的分子靶标和潜在的治疗靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	门剑龙	天津医科大学总医院精准医学中心	99	671	14.0	21.0
2	刘玉智	天津医科大学总医院耳鼻喉科	5	13	1.0	3.0
3	李杨	天津医科大学总医院精准医学中心	17	127	6.0	11.0