适宜CRISPR/Cas9编辑的生长性状位点预测及其在太湖猪中的应用

• 作者: 刘登英 孙浩 岳阳 潘玉春 王起山 赵伟
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 太湖猪 生长性状 CRISPR/Cas9 候选基因
• 年，卷（期）: 2018,（11）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1880-1889
• 页数: 10页
• 分类号: S813.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2018.11.007

摘要

太湖猪(Susscrofa)作为我国著名的地方猪品种,具有繁殖力高、耐粗饲、抗病性好、肉质佳等诸多特点,是分子育种和基因组选择的重要遗传资源.本研究基于猪数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)数据库、基因本体(gene ontology,GO)、通路分析(ingenuity pathway analysis,IPA)数据库等生物信息学技术对猪生长性状相关基因进行挖掘,同时筛选出其与西方品种存在品种间差异的特异SNPs,通过基因相关性,SNP特异性,SNP位置等信息综合预测可以通过基因编辑改良太湖地方品种的位点,并对猪基因组单导链RNA(single guide RNA,sgRNA)进行脱靶分析,筛选出CRISPR/Cas9编辑的最优sgRNA,旨在为太湖地方猪生长性状研究提供准确真实的基因编辑位点.在猪基因组中,共检测到127 353 502个前间区序列邻近基序(protospacer adjacent motif,PAM)位点,平均每20 bp存在1个PAM位点,共观察到5种PAM类型,包括TGG、AGG、GGG、CGG和NGG,占比分别为34.52％,32.61％,26.43％,6.43％和0.0082％.最终得到猪生长性状候选基因428个,筛选得到太湖流域猪种二花脸、枫泾、嘉兴黑、米猪、中梅山、沙乌头、小梅山的生长相关特异SNPs数量分别为412、282、372、414、393、279、458个,并为每一个位点综合打分,最后依据脱靶分析,为6个品种的每个生长相关SNP位点分别提供4个最优的sgRNA.本研究为后续高效准确的基因编辑工作提供数据基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵伟	上海交通大学农业与生物学院	19	60	4.0	7.0
2	王起山	上海交通大学农业与生物学院	36	141	7.0	10.0
3	潘玉春	上海交通大学农业与生物学院	84	713	14.0	23.0
4	刘登英	上海交通大学农业与生物学院	1	0	0.0	0.0
5	孙浩	上海交通大学农业与生物学院	4	5	1.0	2.0
6	岳阳	上海交通大学农业与生物学院	2	5	1.0	2.0