HIV转录激活复制过程中差异表达LncRNA和mRNA筛选及初步分析

• 作者: 台志艳 宋波 杜娟 杨颜泽 林元龙 王福祥 迟宗 邵冰 邵弘
• 来源期刊: 中国病毒病杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 人类免疫缺陷病毒(HIV) 基因表达谱 转录复制 LncRNA mRNA
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 艾滋病专题 论著
• 页码范围: 353-358
• 页数: 6页
• 分类号: R373.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.16505/j.2095-0136.2018.0078

摘要

目的 探讨长链非编码LncRNA和mRNA在人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)转录激活过程中的表达情况.方法 从公共数据平台Gene Expression Omnibus (GEO)下载HIV相关LncRNA+ mRNA基因芯片数据集GSE74818.对其中感染时间在18 h和30 h的芯片探针进行重新分析,筛选出HIV从整合到基因组中到转录形成成熟病毒这一过程中差异表达的LncRNA和mRNA.采用R软件Limma包分析LncRNA和mRNA基因表达谱.结果 从经过归一化、过滤和去除重复探针后筛选出1 366个差异表达基因,其中LncRNA 297个,mRNA 1 069个.LncRNA中表达上调的有188个,表达下调的有109个.mRNA表达上调的有530个,有539个表达下调.对差异表达的mRNA进行GO基因富集分析发现,在生物学过程中:主要富集在核小体、染色质组装、核小体组织、负性正性基因表达调控、表观遗传、染色质沉默等条目中;在细胞组分过程中:主要富集在核染色质、蛋白-DNA复合物、核小体、DNA包装复合物等条目中;在分子功能过程中:主要富集在蛋白异二聚体激活、核小体DNA结合条目中.KEGG pathway富集分析结果显示:差异表达的mRNA主要富集在系统性红斑狼疮、类固醇生物合成、酒精中毒、病毒致肿瘤、P53信号通路等中.结论 HIV从整合到基因组到形成成熟病毒这一过程中存在Ln-cRNA和mRNA的差异表达,差异表达的RNA主要涉及到基因的转录调控过程和免疫通路调控过程.