肌层浸润性膀胱癌亚型的生物信息学分析

• 作者: 华琳 夏翃 徐文彬 郑卫英
• 来源期刊: 北京生物医学工程
• 学科: 医学
• 关键词: 膀胱癌 分子亚型 差异表达基因 富集分析 蛋白质互作网络
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 51-56
• 页数: 6页
• 分类号: R318.04
• 字数: 4064字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-3208.2018.01.008

摘要

目的 通过生物信息学分析研究两种膀胱癌亚型(基底样膀胱癌和管腔型膀胱癌)之间不同的分子调控机制和分子特性,为更准确地区分膀胱癌亚型和探索潜在的治疗靶点提供帮助.方法 利用稳健的多芯片平均算法将由22个基底样膀胱癌和132管腔型膀胱癌样本组成的数据集进行标准化,并选择其中前1000个具有最高标准差的基因进行两种亚型的差异表达基因分析.将得到的差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析.此外,选择前100个差异表达基因构建蛋白质互作网络.结果 得到基底样和管腔型膀胱癌差异表达基因共742,其中基底样亚型上调的基因405个,下调的基因337个.GO富集分析显示差异表达基因显著富集在细胞外区基质、趋化性、炎症等功能上,KEGG通路富集显示差异表达基因显著富集在细胞外基质受体相互作用的通路上.构建的蛋白质互作网络显示重要的hub蛋白质为LNX1、MSN和PPARG.结论 本研究得到的基底样和管腔型膀胱癌亚型分子机制的区别主要体现在细胞外区域的分子作用机制、细胞趋化性和炎症反应等,基因LNX1、MSN和PPARG为区别两种膀胱癌亚型的特征基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	夏翃	首都医科大学生物医学工程学院	49	74	5.0	6.0
2	华琳	首都医科大学生物医学工程学院	100	538	11.0	21.0
3	郑卫英	首都医科大学生物医学工程学院	30	45	5.0	5.0
4	徐文彬	首都医科大学生物医学工程学院	2	2	1.0	1.0