树鼩大肠内容物细菌的群落多样性分析

• 作者: 吴超 王利梅 袁鑫 角建林 郑红 郭玉倩
• 来源期刊: 中国比较医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 树鼩 大肠细菌 IlluminaPE250 多样性
• 年，卷（期）: 2018,（9）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 7-13,32
• 页数: 8页
• 分类号: R?33
• 字数: 5887字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-7856.2018.09.002

摘要

目的 应用高通量测序技术分析树鼩大肠细菌的结构与组成.方法 采集3只雄性树鼩大肠内容物,用细菌16SrDNA通用引物扩增V3～V4区,采用Illumina PE250平台测序.结果 共获得160157条有效序列,聚类后得437个运算分类单位(operational taxonomic units,OTUs).树鼩大肠中的细菌有9个门、19个纲、37个目、68个科、137个属和194个种.其中,①厚壁菌门和变形菌门的丰度最高,分别为63.30％和28.52％;②优势纲是芽孢杆菌纲和γ?变形菌纲(51.46％、28.02％);③乳杆菌目和肠杆菌目的丰度最高,为45.33％和27.51％;④优势科是乳杆菌科(35.30％)和肠杆菌科(27.51％);⑤乳杆菌属和埃希氏菌属为优势属(35.30％、27.49％);⑥在种的水平,可培养细菌的丰度为37.10％,未分类细菌27.69％,不可培养细菌35.21％.可培养细菌中,唾液链球菌的丰度最高(26.66％).在丰度最高的20个种中,8种细菌(40％)未分类,为以往未被发现的新种.个体间细菌群落存在一定差异.结论 树鼩大肠内容物中的细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王利梅	昆明医科大学实验动物学部	25	42	5.0	5.0
2	角建林	昆明医科大学技术转移中心	33	76	5.0	7.0
3	郑红	昆明医科大学实验动物学部	32	52	5.0	5.0
4	吴超	昆明医科大学实验动物学部	17	30	4.0	4.0
5	袁鑫		9	14	3.0	3.0
6	郭玉倩	昆明医科大学实验动物学部	7	8	2.0	2.0