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摘要:
[目的]鉴定树鼩的肠道菌群,分析树鼩肠道菌群多样性和丰度,并进行菌群功能预测.[方法]随机采集3份雄性树鼩粪便样品,提取树鼩粪便中细菌基因组DNA,通过PCR扩增获得16S rRNA V3~V4片段,采用高通量Illumina PE300平台进行测序,利用BIPES以及QIIME分析并比较菌群结构及多样性.最后,通过PICRUS t软件对肠道菌群的功能进行预测.[结果]树鼩肠道粪便细菌有9门20纲33目53属122种208个OTU.门水平上,优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);属水平上,埃希氏杆菌属(Escherichia)、乳酸菌属(Lactobacillus)和肠球菌属(Enterocossus)为优势菌群.PICRUS t功能预测结果表明,肠道细菌编码的大多数基因与代谢相关,其次是基因信息加工、环境信息加工.COG功能分类分析表明肠道微生物基因在"氨基酸的运输和代谢"和"碳水化合物运输与代谢"功能类群的相对丰度较高.[结论]PICRUS t功能预测到树鼩肠道菌群主要与代谢相关,树鼩肠道菌群是研究肠道菌群与代谢类疾病的一种良好试验材料.
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文献信息
篇名 树鼩肠道菌群多样性与功能预测研究
来源期刊 安徽农业科学 学科 农学
关键词 树鼩 肠道菌群 16SrRNA 菌株功能
年,卷(期) 2019,(8) 所属期刊栏目 动物科学·生物技术
研究方向 页码范围 101-103,113
页数 4页 分类号 S852.21
字数 3316字 语种 中文
DOI 10.3969/j.issn.0517-6611.2019.08.026
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 杨学芳 昆明医科大学科研实验中心 16 31 4.0 5.0
2 王利梅 昆明医科大学实验动物学部 25 42 5.0 5.0
3 李波 昆明医科大学研究生院 53 161 6.0 10.0
4 郑红 昆明医科大学实验动物学部 32 52 5.0 5.0
5 曹雪 昆明医科大学实验动物学部 4 2 1.0 1.0
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树鼩
肠道菌群
16SrRNA
菌株功能
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期刊影响力
安徽农业科学
半月刊
0517-6611
34-1076/S
大16开
安徽省合肥市农科南路40号
26-20
1961
chi
出版文献量(篇)
78281
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236
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