基于16S rRNA测序对树鼩肠道菌群特征与高级别肉瘤的相关性分析

• 作者: 代解杰 古文鹏 李娜 李明学 贾杰 黄鑫 黎晓慧
• 来源期刊: 中国比较医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肠道菌群 高级别肉瘤 16srRNA测序 树鼩
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 专题研究
• 页码范围: 11-16,49
• 页数: 7页
• 分类号: R-33
• 字数: 4738字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-7856.2019.08.002

摘要

目的 检测高级别肉瘤的树鼩肠道微生物菌群结构,为探讨肠道微生物菌群结构的改变与肿瘤发生的相关性提供科学依据.方法 选取3例患有恶性高级别肉瘤树鼩粪便为CA组,6例健康树鼩粪便为对照NO组.通过16SV3+4区引物进行细菌多样性的鉴定,通过对Reads剪切过滤,OTUs聚类,并进行物种注释及丰度分析,得出两组树鼩肠道微生物结构、丰度以及多样性.结果 比较CA组和NO组树鼩肠道微生物结构,多样性指数Chao1指数值、ACE指数值、Shannon指数值差异无统计学意义(P>0.05).NO组的树鼩肠道菌群OTUs为640种,而CA组为494种,健康树鼩肠道菌群结构呈多样性.在门水平上比较,其中CA组中螺旋体门(Spirochaetes)丰度为0.03％,低于NO组(丰度为0.12％),且差异有统计学意义(P<0.05);CA组厚壁菌门(Firmicutes)丰度为77.79％高于NO组(47.65％),但差异无统计学意义;CA组的拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度为0.75％低于NO组(8.31％),但差异无统计学意义.CA组中的乳杆菌属(lactobacillus)是具有统计学意义的生物标识.结论 患有高级别肉瘤树鼩的肠道菌群结构丰度和多样性低于健康树鼩,肠道菌群的结构改变及厚壁菌门含量增加可能增加恶性肿瘤的发生.