基于12S rRNA和16S rRNA序列的龟鳖类系统进化特征研究

• 作者: 刘丽 刘楚吾 刘海情
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 龟鳖类 12S rRNA 16S rRNA Kimura双参数遗传距离 系统进化树
• 年，卷（期）: 2012,（11）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产·蚕桑
• 页码范围: 1758-1764
• 页数: 7页
• 分类号: S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2012.11.1758

摘要

[目的]研究龟鳖类的系统进化关系,为龟鳖类资源的保护和合理开发利用提供理论依据.[方法]采用PCR扩增和测序的方法,获得小鳄龟(Chelydra serpentina)的12S rRNA和16S rRNA序列,分别结合NCBI中其他龟鳖的同源性序列进行比对分析；基于Kimura双参数模型计算龟鳖类种间、属间、科间的遗传距离；采用邻接(NJ)法、最大简约(MP)法和最大似然(ML)法构建分子系统进化树.[结果]经比对后得到394 bp的12S rRNA-致序列和544 bp的16SrRNA一致序列,二者合并得到938 bp的联合序列.其中,可变位点327个,序列总变异率为34.9％,简约信息位点222个,单变异多态位点105个.T、C、A、G的平均含量分别为23.6％、24.1％、33.5％和18.7％,A+T含量为57.1％,G+C含量为42.8％.在327个可变位点中,转换数为61,颠换数为24,转换/颠换比率(R)为2.54.拟水龟属间的遗传距离为0.021～0.060,平均为0.467;淡水龟科8属之间的遗传距离为0.022～0.110,平均为0.0724;曲颈龟亚目7科(除平胸龟属外)间的遗传距离为0.071～0.123,平均为0.105.分子系统进化树显示,木纹龟属首先和陆龟科聚在一起,然后再与淡水龟科汇聚；中华花龟、大头乌龟与拟水龟属的成员相互镶嵌,聚成一支；鳄龟科、海龟科、棱皮龟科聚为一支；动胸龟科独成一支.[结论]应将龟亚科、淡水龟亚科提升为龟科、淡水龟科,并将大头乌龟、中华花龟并入拟水龟属,而平胸龟应从鳄龟科中分离出来,独立自成平胸龟科.