基于转录组筛选肉牛骨骼肌差异基因

• 作者: 刘瑞莉 吕娟娟 吴磊 柏学进 董雅娟 袁玮
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 布莱凯特黑牛 鲁西黄牛 转录组 骨骼肌
• 年，卷（期）: 2018,（z1）
• 页码范围: 64-72
• 页数: 9页
• 分类号: S823
• 字数: 5752字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2018.S1.011

摘要

旨在基于转录组筛选肉牛骨骼肌差异基因,探究差异基因对骨骼肌转录调控的影响,鉴定其与肌肉生长发育的关系,为研究骨骼肌生长发育的分子机制提供理论依据.采取12月龄的布莱凯特黑牛和鲁西黄牛背最长肌,利用Illumina 2500进行转录组测序,通过综合生物信息学分析(差异基因筛选、GO分类、KEGG富集分析和蛋白互作网络等)筛选骨骼肌差异的调控基因.布莱凯特黑牛和鲁西黄牛2个文库分别存在13242,13350个基因,共计13758个基因.5500个基因表达量相同,约占总参考基因的39.98％,8258个基因表达量有所不同,占比60.02％.获得554个差异显著的基因作为差异表达基因,其中296个基因表达上调,258个基因表达下调.GO功能注释结果显示,生物学过程、细胞组分和分子功能分别包括22641,7720和4414个基因,其中29个基因与肌细胞的发育和分化有关;KEGG富集到Wnt、CMC、TGF-β、DCM、ROAC、VSMC 6条肌肉生长发育相关通路,筛选骨骼肌候选基因MYL2、MYL3和MYLPF.MYL2、MYL3和MYLPF是Wnt、DMC和TGF-β信号通路中的成员,参与了肌细胞和肌肉组织的形成的过程,推测MYL2、MYL3和MYLPF在骨骼肌生长发育过程中发挥重要作用.