基于转录组测序的蒙古羊和杜泊羊骨骼肌热响应相关基因的筛选

• 作者: 周欢敏 张东 张焱如 曹宇 芦杨
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 蒙古羊 杜泊羊 骨骼肌 热响应 转录组测序(RNA-seq) 非编码RNA
• 年，卷（期）: 2019,（9）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1614-1628
• 页数: 15页
• 分类号: S826
• 字数: 9236字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2019.09.010

摘要

蒙古羊(Ovis aries)和杜泊羊分别是我国和南非的优秀绵羊品种,在抗逆性和羊肉品质上都有良好的表现,但对其热响应调控机制还知之甚少.本研究利用二代测序技术,在炎热条件下(>30℃)对蒙古羊和杜泊羊的骨骼肌进行采样和转录组测序(RNA-sequence,RNA-seq),进而得到差异表达的蛋白编码基因252种(包括已注释的109种)和长链非编码RNA基因60种.根据差异表达基因相关的基因功能富集、通路富集和前人研究,共筛选出了19种参与热响应的蛋白编码基因;其中即时初期响应5(immediate early response 5,IER5)、初期生长响应1(early growth response 1,EGR1)、sprouty相关EVH1域包含1(sprouty related EVH1 domain containing 1,SPRED1)、减数分裂和突触相关的睾丸表达15(testis expressed 15,meiosis and synapsis associated,TEX15)等15种基因参与到蒙古羊骨骼肌热响应调节;血管生成素类似物7(angiopoietin like 7,ANGPTL7)、昼夜节律相关的转录抑制因子(circadian associated repressor of transcription,CIART)、ATP结合盒亚家族A成员12(ATP binding cassette subfamily A member 12,ABCA12)、钙和整合素结合家族成员2(calcium and integrin binding family member 2,CIB2)共4种基因参与到杜泊羊骨骼肌热响应调节.这些热响应相关基因的生物学功能涉及到细胞热应答、热休克蛋白结合、钙离子结合、变性蛋白质折叠态的维持和DNA修复等.而10种长链非编码RNA基因(包括XLOC_1944721,XLOC_3483583,XLOC_775492等)的转录物长链非编码RNA则通过反式trans作用分别靶向调控热响应相关的BCL2关联永生基因3(BCL2 associated athanogene 3,BAG3)、DnaJ热休克蛋白家族(Hsp40)成员A4(DnaJ heat shock protein family(Hsp40)member A4,DNAJA4)、热休克蛋白家族A(Hsp70)成员1类似物(heat shock protein family A(Hsp70)member 1 like,HSPA1L)、EGR1、IER5、DnaJ热休克蛋白家族(Hsp40)成员B1(DNAJB1)和肌球蛋白轻链10(myosin light chain 10,MYL10)基因.以上涉及的热响应相关的蛋白编码基因和长链非编码RNA基因可以促进对绵羊机体热应答机制的研究,并为靶向耐热性状的家畜育种提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周欢敏	内蒙古农业大学生命科学学院	86	473	10.0	19.0
2	张焱如	内蒙古农业大学生命科学学院	37	228	10.0	14.0
3	张东	内蒙古农业大学生命科学学院	14	23	4.0	4.0
4	曹宇	内蒙古农业大学生命科学学院	4	5	2.0	2.0
5	芦杨	内蒙古农业大学生命科学学院	1	2	1.0	1.0