杜仲愈伤组织转录组分析及其类黄酮合成相关基因的qRT-PCR分析

• 作者: 张俊娥 邓华锋
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 杜仲 愈伤组织 转录组高通量测序 类黄酮生物合成 实时定量PCR
• 年，卷（期）: 2018,（16）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 3912-3917
• 页数: 6页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2018.016.027

摘要

目的 分析光、暗培养的杜仲愈伤组织转录组测序结果,验证杜仲愈伤组织转录组测序结果中与类黄酮合成相关基因的表达水平.方法 利用Illumina HiSeqTM 2500测序平台对光暗培养的2种杜仲愈伤组织进行转录组高通量测序,利用Trinity软件对测序结果进行De novo组装,使用BLAST软件将Unigenes序列与NR、Swiss-Prot、GO、COG、KOG、KEGG、Pfam等数据库比对,利用FPKM值估算基因表达丰度,利用qRT-PCR验证与类黄酮合成相关基因的表达水平.结果 杜仲愈伤组织转录组测序共获得13.00 Gbp的clean data.De novo组装后共获得62 030条Unigenes,平均长度为736.40 bp.使用BLAST软件将Unigenes序列与相关数据库比对,共获得25 417条Unigenes的注释结果.其中,25 167条Unigenes注释到Nr.4 794条Unigenes和它们相关的酶(enzyme commission numbers)注释到82条KEGG通路.共获得差异表达基因1 986条.在白光(光强为12 000 lx,16h光照,8h黑暗)培养的愈伤组织中,有1 139条基因表达上调,847条基因表达下调.在KEGG富集分析中发现,有7个Unigenes与类黄酮合成相关,其中有6个Unigenes在白光培养的杜仲愈伤组织中上调表达,它们编码的酶分别为查耳酮异构酶(EC 5.5.1.6,chalcone isomerase,CHI),查耳酮合成酶(EC 2.3.1.74,chalcome synthase,CHS),类黄酮3'-羟化酶(EC l.14.13.21,flavonoid 3'-monooxygenase,F3'H),反肉桂酸4-单加氧酶(EC l.14.13.11,trans-cinnamate 4-monooxygenase,CYP),黄酮醇合成酶(EC l.14.11.23,flavonol synthase,FLS),莽草酸邻羟基肉桂转移酶(EC 2.3.1.133,shikimate-O-hydroxycinnamoyl transferase,HQT).1个Unigene下调表达,它编码的酶为无色花青素加氧酶(EC 1.14.11.19,leucocyanidin oxygenase,LDOX).qRT-PCR分析表明,与类黄酮合成相关的7个Unigenes的表达情况与转录组测序分析结果是一致的.结论 白光条件(光强为12 000 lx,16h光照,8h黑暗)可以促进类黄酮代谢途径中相关化合物的积累.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邓华锋	江西师范大学计算机信息工程学院	6	16	3.0	3.0
2	张俊娥	江西师范大学生命科学学院	16	53	5.0	6.0