毛竹qRT-PCR分析中内参基因的选择

• 作者: 余玉超 吴林军 张智俊 张蒙蒙 朱丰晓 裘叶维 陆健康
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 毛竹 qRT-PCR 内参基因 GeNorm NormFinder BestKeeper
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 研究资源与技术改进
• 页码范围: 502-510
• 页数: 9页
• 分类号: S795
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2018.03.016

摘要

实时荧光定量PCR(quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)是目前研究基因表达的常用方法,而在特定的实验材料及条件下选择合适的内参基因是准确分析目标基因相对表达量的首要条件.本研究以毛竹(Phyllostachys edulis)的根、茎、叶和笋等器官和组织为实验材料,通过qRT-PCR技术对5种常用内参基因:甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)、肌动蛋白(actin,ACT)、热休克蛋白(heat shock protein,HSP)、18S核糖体RNA(18S ribosomal RNA,18S rRNA)和真核起始因子4α(eukaryotic initiation factor 40,eIF-4α)在毛竹不同器官和组织中的表达情况进行了分析.经GeNorm、NormFinder和BestKeeper 3个软件对比分析发现,对5种常用内参基因而言,在利用qRT-PCR分析比较毛竹不同叶片之间的基因表达差异时,可选取eIF-4α作为校正内参基因;比较笋不同部位之间的基因表达差异时,可选取18S rRNA或ACT作为校正内参基因;而比较毛竹根、茎、叶不同器官组织分化中的基因表达差异时,可选取18S rRNA作为校正内参基因.而上述发现与多数文献中把ACT作为毛竹唯一内参基因的研究不一致.本研究为在毛竹qRT-PCR分析中选择合适的内参基因提供了理论依据.