我国HIV-1CRF01_AE毒株辅助受体利用的基因预测可行性研究

• 作者: 丁奕博 冯毅 刘威男 张媛媛 王彦 王琛 肖瑶 马丽英
• 来源期刊: 国际病毒学杂志
• 关键词: HIV-1 CRF01_AE毒株 辅助受体 基因预测
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1-5
• 页数: 5页
• 字数: 3701字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1673-4092.2019.01.01

摘要

目的 探讨HIV-1辅助受体基因预测工具对我国流行的CRF01_AE毒株辅助受体利用的可行性.方法 从北京市、广西壮族自治区、四川省的HIV-1感染者中分离出CRF01_AE毒株22株,利用基因型方法(11/25规则、WebPSSM和geno2pheno)对病毒辅助受体利用情况进行预测,将预测结果与经GHOST细胞系检测的表型实验结果进行比较.结果 经GHOST细胞系检测,22株CRF01_ AE毒株中,4株利用CCR5/CXCR4辅助受体,18株利用CCR5辅助受体.11/25规则预测与表型实验的一致率为86.4％;geno2pheno中,G2p-clinical、NGS-sanger和G2p-colon模型预测与表型实验的一致率分别为95.5％、86.4％和68.2％;WebPSSM中,PSSM-sinsi_B、PSSM-x4r5和PSSM-sinsi_C模型预测与表型实验的一致率分别为86.4％、72.7％和45.5％.结论 对于我国CRF01_AE毒株的HIV-1感染者,在使用辅助受体拮抗剂之前应进行辅助受体利用的预测,Geno2pheno是较准确的辅助受体基因预测工具.