虹鳟肝组织新转录本分析及基因结构优化

• 作者: 刘哲 康玉军 权金强 马芳
• 来源期刊: 中国实验动物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 虹鳟 转录组测序 新转录本 基因结构优化
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 135-142
• 页数: 8页
• 分类号: Q95-33
• 字数: 3838字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-4847.2019.02.002

摘要

目的 虹鳟热应激下肝RNA-seq数据中新转录本的分析及已注释基因结构优化.方法 以虹鳟肝为材料提取总RNA,构建cDNA文库,并利用Illumina双端测序Hiseq 2500平台进行测序.运用Cufflinks软件对测序数据进行组装,将其与虹鳟参考基因组进行序列比对.结果 发掘新转录本6555个,其中30个新转录本在热应激前后差异表达(P<0.05).与GO数据库比对对新转录本进行功能注释,获得3097个新转录本的注释.与KEGG数据库比对,共有3617个新转录本注释到284条代谢通路中.对19424个已注释基因的结构进行优化,延伸了14719个基因的5′端和14796个基因的3′端.结论 通过对发掘的6555个新转录本分析,并对19424个已注释基因结构优化,为虹鳟基因组注释信息的完善提供了有力的借鉴,并为进一步了解虹鳟热应激的机制提供更有力的理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘哲	甘肃农业大学动物科学技术学院	65	403	11.0	18.0
2	权金强	甘肃农业大学动物科学技术学院	10	16	2.0	3.0
3	马芳	甘肃农业大学动物科学技术学院	3	1	1.0	1.0
4	康玉军	甘肃农业大学动物科学技术学院	14	11	2.0	2.0